Sant Joan de Boí és l’església que conserva més elements arquitectònics del primer moment constructiu que es produeix a la Vall de Boí al s.XI.
De planta basilical (com Sant Climent i Santa Maria de Taüll), a Sant Joan de Boí destaca el conjunt de pintures murals que es van trobar decorant l’interior de les naus amb escenes com la Lapidació de Sant Esteve, els Joglars o el Bestiari.
En la darrera restauració es va voler donar a l’església un aspecte el més similar possible a com seria a principis del s.XII; per això, es va arrebossar l’interior i es va fer còpia de tots els fragments de pintura mural conservats actualment al Museu Nacional d’Art de Catalunya.
A Sant Joan de Boí podem veure quina funció complien les pintures murals romàniques i quin era l’aspecte original d’aquestes esglésies.